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微波具有电磁波的诸如反射、透射、和干涉、衍射、偏振，以及伴随着电磁波的能量传输等波动特性；木材中的极性水分子在电磁场中相互之间剧烈地摩擦产生的热量使木材中的水分（木材内外同时进行）升温和蒸发，形成整体加热和即时加热的特点。
微波干燥基于上述特点，就有两个作用过程。一个是与常规干燥木材一样的作用过程；另一个作用过程，就是借助于微波能的透射作用，使木材内部的水分子迅速地受热汽化，在木材中产生大量的水蒸汽压力，形成向外扩散的强大"压势"，加速了水分子向表面扩散。结果呈现为接近木材表面的湿度**大，而中心**小。（与常规干燥相反—内湿外干）；只需加快抽湿速度，就可以调整木材内外平衡。
克服了木材导热性较差内部扩散速度慢的问题。所以干燥速度极快。因此那种在自然干燥和热空气干燥木材中所出的表面硬化，及影响水分向外扩散的现象根本就不存在。
所以微波干燥木材的速度大大高于对流干燥（自然干燥、蒸汽干燥、红外线干燥等）的速度。相比之下，常规干燥需要25天以至一个月，而微波干燥只需要几十分钟。
由于微波干燥具有的透射性和选择性特点，在干燥过程中，木板表里之间、两端和中间纤维的收缩基本上比较一致，不开裂和变形小。微波干燥的木材质量好。